FC東京U-18が2006年に戦った大会名・試合会場・対戦相手・試合結果を紹介しています。
| 高円宮杯U-18サッカーリーグ 2006 プリンスリーグ関東 | 8位 5勝1分3敗（勝点16） |
| 第30回 日本クラブユースサッカー選手権(U-18)大会 | 3位 |
| 2006Jユースカップ 第14回Jリーグユース選手権大会 | 準優勝 |
| 平成17年度 第7回 東京都クラブユース U-17サッカー選手権大会 | 優勝 |
| 1月29日（日）13:00 平成17年度 第7回 東京都クラブユースU-17サッカー選手権大会 決勝リーグ 第1戦 深川グラウンド FC東京U-18 3-2 FCトリプレッタユース |
| 2月11日（土・祝）13:00 平成17年度 第7回 東京都クラブユースU-17サッカー選手権大会 決勝リーグ 第2戦 深川グラウンド FC東京U-18 3-0 三菱養和SCユース |
| 2月19日（日）14:00 平成17年度 第7回 東京都クラブユースU-17サッカー選手権大会 決勝リーグ 決勝 江東区夢の島競技場 FC東京U-18 5-0 横河武蔵野FCユース |
| 4月9日（日）11:00 JFAプリンスリーグU-18関東 2006第1節 深川グラウンド FC東京U-18 0-1 船橋市立船橋高等学校 |
| 4月16日（日）11:00 JFAプリンスリーグU-18関東 2006第2節 三ツ沢公園球技場 FC東京U-18 0-3 横浜F･マリノスユース |
| 4月23日（日）11:00 JFAプリンスリーグU-18関東 2006第3節 壬生町総合公園陸上競技場 FC東京U-18 1-2 小山南高等学校 |
| 4月30日（日）11:00 JFAプリンスリーグU-18関東 2006第4節 深川グラウンド FC東京U-18 2-1 浦和レッズユース |
| 5月7日（日）13:30 JFAプリンスリーグU-18関東 2006第5節 前橋育英高校高崎グラウンド FC東京U-18 1-1 高崎経済大学附属高等学校 |
| 5月14日（日）13:30 JFAプリンスリーグU-18関東 2006第6節 日産フィールド小机 FC東京U-18 2-0 韮崎高等学校 |
| 5月21日（日）14:00 JFAプリンスリーグU-18関東 2006第7節 鹿島アントラーズクラブハウスグラウンド FC東京U-18 4-0 鹿島アントラーズユース |
| 5月27日（土）15:00 平成18年度 日本クラブユースサッカーU-18選手権 関東予選2次リーグ第1戦 深川グラウンド FC東京U-18 6-1 水戸ホーリーホックユース |
| 6月3日（土）17:00 平成18年度 日本クラブユースサッカーU-18選手権 関東予選2次リーグ第2戦 深川グラウンド FC東京U-18 3-0 ヴァンフォーレ甲府U-18 |
| 6月4日（日）15:00 平成18年度 日本クラブユースサッカーU-18選手権 関東予選2次リーグ第3戦 深川グラウンド FC東京U-18 0-0 川崎フロンターレU-18 |
| 6月11日（日）15:00 平成18年度 日本クラブユースサッカーU-18選手権 関東予選2次リーグ第4戦 深川グラウンド FC東京U-18 17-0 フットワーククラブユース |
| 6月18日（日）15:00 平成18年度 日本クラブユースサッカーU-18選手権 関東予選2次リーグ第5戦 深川グラウンド FC東京U-18 1-1 浦和レッズユース |
| 6月24日（土）12:45 平成18年度 日本クラブユースサッカーU-18選手権 関東予選関東予選5位～8位順位決定戦 那須スポーツパーク（B面：あかまつフィールド） FC東京U-18 2-0 柏レイソルU-18 |
| 6月25日（日）12:45 平成18年度 日本クラブユースサッカーU-18選手権 関東予選関東予選5位～6位順位決定戦 那須スポーツパーク（B面：あかまつフィールド） FC東京U-18 3-2 鹿島アントラーズユース |
| 7月2日（日）11:00 JFAプリンスリーグU-18関東 2006第8節 深川グラウンド FC東京U-18 2-1 八千代高等学校 |
| 7月9日（日）11:00 JFAプリンスリーグU-18関東 2006第9節 深川グラウンド FC東京U-18 2-0 前橋商業高等学校 |
| 7月15日（土）14:00 第11回東京都サッカートーナメント学生系の部Bブロック1回戦 早稲田大学グラウンド FC東京U-18 0-3 早稲田大学 |
| 7月17日（月・祝）10:30 JFAプリンスリーグU-18関東 2006 7位決定戦 市原スポレクパーク FC東京U-18 1-2 桐蔭学園高等学校 |
| 7月29日（土）13:00 adidas CUP2006 第30回日本クラブユースサッカー選手権(U-18)大会グループリーグ第1日 JヴィレッジPitch2 FC東京U-18 3-1 塩釜FCユース |
| 7月30日（日）10:30 adidas CUP2006 第30回日本クラブユースサッカー選手権(U-18)大会グループリーグ第2日 JヴィレッジPitch5 FC東京U-18 4-1 大分トリニータU-18 |
| 8月1日（火）15:00 adidas CUP2006 第30回日本クラブユースサッカー選手権(U-18)大会グループリーグ第3日 JヴィレッジPitch1 FC東京U-18 2-1 横浜F･マリノスユース |
| 8月2日（水）13:30 adidas CUP2006 第30回日本クラブユースサッカー選手権(U-18)大会準々決勝 JヴィレッジPitch5 FC東京U-18 4-3 横浜F･マリノスユース |
| 8月4日（金）19:50 adidas CUP2006 第30回日本クラブユースサッカー選手権(U-18)大会準決勝 三ツ沢公園球技場 FC東京U-18 1-2 ガンバ大阪ユース |
| 10月15日（日）13:00 Jユースサハラカップ2006 第14回Jリーグユース選手権大会予選リーグ 第1節 深川グラウンド FC東京U-18 2-0 浦和レッズユース |
| 10月22日（日）14:00 Jユースサハラカップ2006 第14回Jリーグユース選手権大会予選リーグ 第2節 横浜F・マリノス戸塚トレーニングセンター FC東京U-18 1-3 横浜F・マリノスユース |
| 10月29日（日）17:15 Jユースサハラカップ2006 第14回Jリーグユース選手権大会予選リーグ 第3節 埼玉スタジアム2002第4グランド FC東京U-18 0-1 浦和レッズユース |
| 11月3日（金・祝）13:00 Jユースサハラカップ2006 第14回Jリーグユース選手権大会予選リーグ 第4節 ヴェルディグラウンド FC東京U-18 3-0 東京ヴェルディ1969ユース |
| 11月12日（日）13:00 Jユースサハラカップ2006 第14回Jリーグユース選手権大会予選リーグ 第5節 江戸川区陸上競技場 FC東京U-18 5-1 横浜F・マリノスユース |
| 11月19日（日）14:00 Jユースサハラカップ2006 第14回Jリーグユース選手権大会予選リーグ 第6節 深川グラウンド FC東京U-18 3-0 東京ヴェルディ1969ユース |
| 12月3日（日）13:00 Jユースサハラカップ2006 第14回Jリーグユース選手権大会決勝トーナメント 2回戦 深川グラウンド FC東京U-18 5-0 ジュビロ磐田U-18 |
| 12月10日（日）14:00 Jユースサハラカップ2006 第14回Jリーグユース選手権大会決勝トーナメント 準々決勝 フクダ電子アリーナ FC東京U-18 3-0 ベガルタ仙台ユース |
| 12月17日（日）14:00 Jユースサハラカップ2006 第14回Jリーグユース選手権大会決勝トーナメント 準決勝 大阪長居第2陸上競技場 FC東京U-18 3-0 名古屋グランパスエイトU-18 |
| 12月24日（日）13:00 Jユースサハラカップ2006 第14回Jリーグユース選手権大会決勝トーナメント 決勝 神戸総合運動公園ユニバー記念競技場 FC東京U-18 0-2 サンフレッチェ広島ユース |
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